Desa Watu Agung berasal dari kata Watu yang berarti batu,dan Agung yang berarti besar. Jadi Watu Agung adalah sebuah julukan atau kondisi alam yang banyak ditemukan batu, pada saat itu ditemukan batu yang sangat besar diantara batu yang dijumpai oleh para penebang hutan,nama watu agung diukir dalam nostalgia yang tidak mudah terlupakan, pada sekelumit riwayat sebagai berikut.
Diakhir tahun 1958 ditengah hutan belantara datang seorang ahli tebang dari daerah pacitan Jawa Timur yang bernama Mulyo Wiyardi. Beliau melakukan penebangan hutan pada saat itu masih banyak binatang buas. Setelah melakukan penebangan lalu mengajak beberapa orang untuk menebang hutan, pada tahun 1958 ditemukan banyak batu, dan akhirnya dijumpai batu yang sangat besar diantara batu yang telah ditemukan dan setelah itu ada kata sepakat untuk dijadikan simbul dan terbentuklah sebuah pra desa.
Dua tahun kemudian setelah terjadi peristiwa itu tepatnya tahun 1960 pra desa yang sudah lengkap dengan fasilitas lokasi bangunan sosial dan lain-lain, mereka sepakat menobatkan menjadi sebuah desa sebagai kenang-kenangan desa yang baru akhirnya sepakat dan mufakat diberi nama desa WATU AGUNG hingga saat ini desa Watu Agung saat itu berpenduduk dalam jumlah sedikit hanya beberapa orang atau keluarga rumah tangga, dan personil perangkat desanya adalah pemimpin tebang itu sendiri hingga akhirnya seiring bergantinya waktu dan perubahan jaman desa Watu Agung menjadi seperti saat ini desa yang berkembang.